Besonderheiten und Alleinstellungsmerkmale des Museums der Natur:

•  Größtes und traditionsreiches Naturkundemuseum in Thüringen
•  Repräsentatives und einzigartiges Gebäude
•  Weltweit einmalige Sammlung und Forschung zu den Ursauriern
•  Umfangreichste und älteste Insektensammlungen Thüringens
•  Größte thüringische Conchyliensammlung (Schalen von Schecken, Muscheln und Tintenfischen)
•  Wissenschaftshistorisch einzigartige Sammlungen von Mineralien, Gesteinen und Fossilien, insbesondere Belegsammlungen von Ernst Adolf von Hoff („Darwin“ der Erdwissenschaften) und Waldelefantenfund von Burgtonna (1696)

Weitere bedeutende Sammlungen:
•  Sammlung aus der „Kunst- und Wunderkammer“ von Herzog Ernst dem Frommen und seiner Nachfolger, ab 1640)
•  Weitere Sammlungen von Mineralien, Gesteinen und Fossilien
•  Sammlung von Wirbeltierpräparaten aus aller Welt (vor allem Vögel)